Жидкостная хромато-масс-спектрометрия (ВЭЖХ-МС) не ограничена летучестью и термостабильностью анализируемых соединений, что отличает её от газовой хромато-масс-спектрометрии.
В отличие от газовой хроматографии, где обычно применяется жесткая электронная ионизация (EI) и часто отсутствует пик молекулярного иона, в жидкостной хромато-масс-спектрометрии используются более мягкие методы ионизации — электроспрей (ESI) и атмосферная химическая ионизация (APCI). Это значительно облегчает идентификацию веществ и расширяет спектр анализируемых соединений.
Выбор метода анализа зависит от характеристик определяемых веществ и требований национальных стандартов и нормативов.